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Fiscalité2 min · Mis à jour 26 septembre 2026

Facturation électronique : ce qui change pour les soignants libéraux

Réforme de la facturation électronique : réception obligatoire depuis le 1er septembre 2026, soins exonérés de TVA non concernés par l'émission. L'essentiel pour un soignant.

Par la rédaction ComptePro Santé — site édité par un médecin libéral en exercice · Tarifs vérifiés en septembre 2026

Illustration : factures électroniques et comptabilité d'un soignant libéral
L'essentiel en 30 secondes
La réforme de la facturation électronique entre en application pour les entreprises françaises. Les soignants libéraux sont concernés, mais pas de la même façon pour recevoir et pour émettre des factures. Voici l'essentiel, à valider avec votre expert-comptable ou votre association de gestion agréée.

Ce qui change depuis le 1er septembre 2026

Depuis le 1er septembre 2026, la réception des factures électroniques est obligatoire. Concrètement, vos fournisseurs soumis à la réforme pourront vous transmettre leurs factures (logiciel, matériel, loyer facturé par une société, fournitures…) sous forme électronique, via les circuits prévus par la réforme. Vous devez être en mesure de les recevoir.

Et l'émission de factures ?

Les actes de soins exonérés de TVA ne sont pas concernés par l'obligation d'émission de factures électroniques. C'est le cas de l'essentiel de l'activité de nombreux soignants. En revanche, si vous avez une activité soumise à TVA en parallèle, la situation peut être différente : faites le point avec votre comptable.

Résumé : réception obligatoire depuis le 1er septembre 2026 ; émission non obligatoire pour les actes de soins exonérés de TVA. Chaque situation particulière est à valider avec votre comptable ou votre AGA.

Ce que ça change dans votre organisation

  • Choisir un outil capable de recevoir vos factures fournisseurs électroniques.
  • Vérifier avec votre logiciel de compta ou votre comptable comment ces factures sont intégrées.
  • Conserver un classement propre, rattaché à vos paiements, pour la 2035 en déclaration contrôlée.

Le rôle du compte pro

La facturation électronique n'est pas une fonction bancaire au sens strict. Certains comptes pro intègrent des outils de facturation ou de gestion des justificatifs, mais nous ne listons pas ici quels établissements sont plateformes agréées dans le cadre de la réforme : renseignez-vous directement auprès de votre banque ou de votre éditeur de logiciel.

Un compte qui rapproche facilement paiements et justificatifs reste un atout. Indy, par exemple, intègre la compta automatisée dans son offre payante ; d'autres comptes comme Qonto misent sur les intégrations avec votre expert-comptable. Voir notre guide compta BNC et 2035.

Les cas à vérifier avec votre comptable

  • Activité mixte (soins exonérés + prestations soumises à TVA, formation, expertise…).
  • Exercice en société (SELARL, SEL) ou en SCM : obligations propres à la société.
  • Refacturations entre associés ou avec un titulaire (rétrocessions, redevances).

À retenir

  1. Préparez-vous à recevoir des factures électroniques de vos fournisseurs.
  2. Vos notes d'honoraires pour des soins exonérés de TVA ne sont pas soumises à l'obligation d'émission.
  3. Faites valider votre situation par votre comptable ou votre AGA.

Cet article informe sur les règles générales en vigueur ; il ne remplace pas l'avis d'un expert-comptable ou d'un conseil fiscal sur votre situation précise.

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Comparer les conditions réelles au cabinet

Un tarif d'entrée ne décrit pas tous les usages du cabinet. Le paiement par carte, le dépôt d'un chèque, la réserve destinée aux cotisations ou le besoin d'un financement peuvent déplacer le choix vers une autre offre. Les conditions mentionnées ci-dessous proviennent de nos fiches bancaires vérifiées ; elles dépendent de la formule retenue et doivent être confirmées avant une ouverture.

Organiser chaque étape sans confondre les outils

À l'ouverture, préparez les documents relatifs à votre statut et vérifiez que l'offre accepte votre forme juridique exacte. Une entreprise individuelle en déclaration contrôlée n'a pas, du seul fait du régime réel, l'obligation d'un compte dédié. Pour la micro-entreprise, la règle dépend du chiffre d'affaires sur deux années civiles consécutives ; reportez-vous à la source officielle en bas de page.

Pour les recettes, notez quels payeurs virent directement, quels patients utilisent la carte, et si vous devez déposer des chèques ou du liquide. Le paiement par carte n'est pas la lecture de la carte Vitale : la première opération encaisse le patient, la seconde sert à transmettre les feuilles de soins. Rapprochez les versements regroupés avec les actes réellement facturés.

Pour la trésorerie, ne confondez pas l'argent encaissé et celui dont vous pouvez disposer après cotisations et impôt. Certains comptes proposent des sous-comptes pour séparer ces réserves ; vérifiez que leur formule et leur fonctionnement correspondent à vos besoins. Le simulateur officiel de l'URSSAF aide à estimer vos provisions selon votre situation, sans présumer d'un taux universel.

Pour la comptabilité, vérifiez si la fonction annoncée se limite à des exports et à la facturation ou prépare réellement la déclaration correspondant à votre régime. L'offre Essentiel à 0 € d'Indy couvre compte, carte et facturation ; la comptabilité automatisée et la 2035 sont dans une offre payante. En SEL, demandez un accompagnement correspondant à la comptabilité d'une société, pas seulement à celle d'une entreprise individuelle.

Pour un projet d'installation, le financement doit être étudié indépendamment du compte courant. Préparez devis, échéances et prévisionnel ; demandez si une domiciliation des recettes est requise. Les modalités de crédit des banques figurent dans leurs fiches, mais aucune ouverture de compte ne garantit l'acceptation d'un prêt.

Pour aller plus loin

Consultez la méthode pour provisionner vos charges, le comparatif des solutions carte et le guide des SEL. Avant toute décision, contrôlez les tarifs officiels de la formule choisie.

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Pour aller plus loin

Consultez la méthode pour provisionner vos charges, le comparatif des solutions carte et le guide des SEL. Avant toute décision, contrôlez les tarifs officiels de la formule choisie.

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Un tarif d'entrée ne décrit pas tous les usages du cabinet. Le paiement par carte, le dépôt d'un chèque, la réserve destinée aux cotisations ou le besoin d'un financement peuvent déplacer le choix vers une autre offre. Les conditions mentionnées ci-dessous proviennent de nos fiches bancaires vérifiées ; elles dépendent de la formule retenue et doivent être confirmées avant une ouverture.

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À l'ouverture, préparez les documents relatifs à votre statut et vérifiez que l'offre accepte votre forme juridique exacte. Une entreprise individuelle en déclaration contrôlée n'a pas, du seul fait du régime réel, l'obligation d'un compte dédié. Pour la micro-entreprise, la règle dépend du chiffre d'affaires sur deux années civiles consécutives ; reportez-vous à la source officielle en bas de page.

Pour les recettes, notez quels payeurs virent directement, quels patients utilisent la carte, et si vous devez déposer des chèques ou du liquide. Le paiement par carte n'est pas la lecture de la carte Vitale : la première opération encaisse le patient, la seconde sert à transmettre les feuilles de soins. Rapprochez les versements regroupés avec les actes réellement facturés.

Pour la trésorerie, ne confondez pas l'argent encaissé et celui dont vous pouvez disposer après cotisations et impôt. Certains comptes proposent des sous-comptes pour séparer ces réserves ; vérifiez que leur formule et leur fonctionnement correspondent à vos besoins. Le simulateur officiel de l'URSSAF aide à estimer vos provisions selon votre situation, sans présumer d'un taux universel.

Pour la comptabilité, vérifiez si la fonction annoncée se limite à des exports et à la facturation ou prépare réellement la déclaration correspondant à votre régime. L'offre Essentiel à 0 € d'Indy couvre compte, carte et facturation ; la comptabilité automatisée et la 2035 sont dans une offre payante. En SEL, demandez un accompagnement correspondant à la comptabilité d'une société, pas seulement à celle d'une entreprise individuelle.

Pour un projet d'installation, le financement doit être étudié indépendamment du compte courant. Préparez devis, échéances et prévisionnel ; demandez si une domiciliation des recettes est requise. Les modalités de crédit des banques figurent dans leurs fiches, mais aucune ouverture de compte ne garantit l'acceptation d'un prêt.

Pour aller plus loin

Consultez la méthode pour provisionner vos charges, le comparatif des solutions carte et le guide des SEL. Avant toute décision, contrôlez les tarifs officiels de la formule choisie.

FAQ

Dois-je recevoir des factures électroniques ?
Oui, la réception est obligatoire depuis le 1er septembre 2026.
Dois-je émettre des factures électroniques pour mes soins ?
Les actes de soins exonérés de TVA ne sont pas concernés par l'obligation d'émission. Validez votre cas avec votre comptable.
Ma banque est-elle plateforme agréée ?
Renseignez-vous directement auprès de votre banque ou éditeur : nous ne listons pas les plateformes agréées.
Et si j'ai une activité soumise à TVA ?
La situation peut différer : faites le point avec votre comptable ou votre AGA.
Les sous-comptes sont-ils inclus dans toutes les formules ?
Non. Le nombre, l'IBAN éventuel et la formule nécessaire varient selon la banque.

Sources

Par métier

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